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研究的基本困難在于藥效物質基礎不明。以往人們利用色譜、光譜等技術，尋找中藥中的化學成分，研究其結構、性質、組成，從而揭示中藥作用的物質基礎，在中藥的現代研究中取得了很多的成就。但大多所謂的“活性成分研究"，只是將分離得到的化合物在測定結構之后，再進行活性篩選，收效甚微，很少有人采用活性指導下的導向分離方法。因此，那些含量甚微且又難于分離的活性成分很可能于分離途中丟失，且丟失了也難于察覺。
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